Czy spółka korzystająca z estońskiego CITu jest zobowiązania do sporządzania dokumentacji cen transferowych? Pytanie to może się nasunąć po analizie przepisów dotyczących ryczałtu od dochodów spółek. Przepisy rozdziału 6b ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, zatytułowanego „Ryczałt od dochodów spółek”, w sposób wyczerpujący i kompleksowy regulują bowiem problematykę podmiotu opodatkowania, przedmiotu opodatkowania, podstawy opodatkowania, stawek podatkowych oraz warunków i terminów płatności ryczałtu. Można by zatem stwierdzić, że reguluje on w całości wszelkie elementy konstrukcyjne podatku. W takiej sytuacji można by również stwierdzić, że racjonalny ustawodawca wykluczył posiłkowanie się innymi przepisami ustawy w zakresie estońskiego CITu, jeżeli przepisy rozdziału 6b wprost się do nich nie odwołują. Przepisy o estońskim CIT nie odwołują się natomiast do przepisów dotyczących dokumentacji cen transferowych (art. 11k – 11t ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych). Co więcej, ustawodawca wskazał, że podmioty opodatkowane ryczałtem od dochodów spółek nie podlegają opodatkowaniu na zasadach określonych w art. 19, art. 24b, art. 24ca i art. 24d ustawy.
Ze stanowiskiem takim nie zgadzają się jednak organy skarbowe. Stoją bowiem na stanowisku, że podmiot korzystający z estońskiego CITu musi spełniać określone warunki, m. in. mniej niż 50% przychodów z działalności osiągniętych w poprzednim roku podatkowym może pochodzić z transakcji z podmiotami powiązanymi w rozumieniu art. 11a ust. 1 pkt 4 – w przypadku gdy w związku z tymi transakcjami nie jest wytwarzana wartość dodana pod względem ekonomicznym lub wartość ta jest znikoma. Spełnienie tego warunku obliguje podatnika do monitorowania transakcji dokonywanych z podmiotami powiązanymi. Ponadto przepisy ustawy nie wyłączają wprost obowiązku, stosowania przepisów dotyczących cen transferowych przez spółki opodatkowane ryczałtem. Nie powinno być wątpliwości, że w transakcji między podmiotami powiązanymi, sama forma opodatkowania tych podmiotów podatkiem dochodowym, nie może wyłączać zastosowania przepisów o charakterze ogólnym (przepisy art. 11k – art. 11t), bez wyraźnego zastrzeżenia ustawodawcy podatkowego. Takiego wyraźnego zastrzeżenia brak jest w przepisach rozdziału 6b u.p.d.o.p.
Pomimo zatem wątpliwości powstających w wyniku wykładni systemowej przepisów ustawy o CIT, należy odczytać cel ustawodawcy w analizowanych przepisach. Celem tym nie jest wyłączenie obowiązków związanych z dokumentowaniem cen transferowych w przypadku podatników opodatkowanych ryczałtem od dochodów spółek. Odpowiadając na zadane na wstępie pytanie należy udzielić odpowiedzi, że spółka korzystająca z estońskiego CITu jest zobowiązania do sporządzania dokumentacji cen transferowych, tak jak każdy inny podmiot spełniający ustawowe przesłanki.