Z końcem 2026 r. przestaną funkcjonować specjalne strefy ekonomiczne, a podstawowym, ogólnokrajowym instrumentem zwolnienia z podatku dochodowego dla nowych inwestycji pozostanie Polska Strefa Inwestycji. Rząd chce wykorzystać ten moment, aby przebudować te elementy systemu, które w praktyce budziły najwięcej wątpliwości. Projekt nowelizacji ustawy o wspieraniu nowych inwestycji przewiduje dłuższe decyzje o wsparciu, nowy sposób ustalania dochodu zwolnionego przy reinwestycjach, udział Krajowej Administracji Skarbowej w wydawaniu decyzji o największej wartości pomocy oraz elektroniczną obsługę wniosków.
Na jakim etapie są prace
Rada Ministrów przyjęła projekt ustawy o zmianie ustawy o wspieraniu nowych inwestycji oraz niektórych innych ustaw 29 września 2026 r. 1 października dokument trafił do Sejmu jako druk nr 3160. Nowe przepisy mają zasadniczo wejść w życie 1 stycznia 2027 r., a więc w pierwszym dniu po wygaszeniu stref.
Trzeba jednak pamiętać, że wciąż mówimy o projekcie. Jego treść może jeszcze ulec zmianie w toku prac parlamentarnych.
Koniec stref ekonomicznych i rola zarządzających obszarem
Ustawa z 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji w kilku miejscach opiera się na ustawie o specjalnych strefach ekonomicznych. Dotyczy to między innymi pojęcia zarządzającego obszarem, które dotąd było definiowane przez odesłanie do przepisów strefowych. Wraz z wygaszeniem stref takie odesłanie traci sens, dlatego projekt wprowadza samodzielną definicję tego podmiotu.
Spółki, które dotychczas zarządzały strefami, mają nadal obsługiwać inwestorów i wydawać decyzje o wsparciu w ramach PSI. Dla przedsiębiorców oznacza to ciągłość instytucjonalną, ponieważ partnerem w procedurze pozostanie ten sam podmiot, z którym wiele firm współpracuje od lat. Odrębną kwestią jest sytuacja podatników, którzy wciąż korzystają ze zwolnienia na podstawie zezwoleń strefowych. Uprawnienia te są związane z istnieniem stref, więc ich wygaśnięcie oznacza, że kontynuacja preferencji podatkowych w kolejnych latach wymagać będzie uzyskania decyzji o wsparciu dla nowej inwestycji.
Dochód zwolniony przy reinwestycjach
Zwolnienie przewidziane w art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT oraz w art. 21 ust. 1 pkt 63b ustawy o PIT obejmuje dochód z działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu, osiągnięty z nowej inwestycji realizowanej na terenie wskazanym w tej decyzji. O ile przy inwestycjach typu greenfield ustalenie zwolnionego dochodu jest stosunkowo proste, o tyle przy reinwestycjach, czyli rozbudowie lub przekształceniu istniejącego zakładu, pojawia się pytanie, jaka część wyniku pochodzi z nowej inwestycji, a jaka z majątku, który istniał wcześniej.
Dotychczasowa praktyka opierała się na koncepcji tzw. ścisłych powiązań. Przedsiębiorca musiał wykazywać funkcjonalne lub technologiczne związki między nową inwestycją a istniejącymi składnikami majątku, co w przypadku złożonych procesów produkcyjnych prowadziło do budowania rozbudowanych metodologii alokacji dochodu. Sposób przypisania przychodów i kosztów do działalności zwolnionej był też częstym przedmiotem sporów z organami podatkowymi w toku kontroli.
Projekt zakłada odejście od tej konstrukcji. Zakres zwolnienia ma być wyznaczany przede wszystkim przez rodzaj działalności wskazany w decyzji o wsparciu oraz przez teren, na którym działalność ta jest prowadzona. Zwolnieniem objęty ma być dochód z nowej inwestycji określonej w decyzji. Według resortu ma to uprościć rozliczenia i ograniczyć liczbę sporów podatkowych.
Zmiana ta ma też jednak drugą stronę. Skoro o zakresie zwolnienia ma przesądzać przede wszystkim treść decyzji, precyzyjne określenie działalności objętej wsparciem oraz granic terenu inwestycji zyskuje jeszcze większe znaczenie. Błędy popełnione na etapie wniosku będzie trudno skorygować w trakcie korzystania ze zwolnienia. Otwarte pozostaje również pytanie, w jaki sposób ostateczne przepisy oddzielą dochód z nowej inwestycji od dochodu z działalności prowadzonej przed jej rozpoczęciem, jeżeli obie mieszczą się w tym samym rodzaju działalności i na tym samym terenie.
Decyzja o wsparciu na okres od 15 do 20 lat
Obecnie decyzja o wsparciu może obowiązywać maksymalnie przez 15 lat, przy czym okres ten zależy od lokalizacji inwestycji. Projekt przewiduje, że decyzja będzie wydawana na okres od 15 do maksymalnie 20 lat, w zależności od obszaru kraju.
Uzasadnieniem zmiany jest umożliwienie pełnego wykorzystania przyznanej pomocy. Problem ten jest dobrze znany z praktyki. Wartość zwolnienia jest ograniczona zarówno maksymalną kwotą pomocy publicznej, wynikającą z intensywności pomocy i wysokości kosztów kwalifikowanych, jak i okresem obowiązywania decyzji. W przypadku dużych projektów, które osiągają pełną rentowność po kilku latach, a w pierwszym okresie generują straty lub niewielki dochód obciążony wysokimi odpisami amortyzacyjnymi, część limitu często pozostawała niewykorzystana. Dłuższy okres decyzji nie zwiększa samego limitu pomocy, ale daje więcej czasu na jego skonsumowanie, co realnie podnosi wartość wsparcia dla inwestorów o długim horyzoncie zwrotu.
Istotne będzie również to, czy i w jaki sposób nowe okresy obejmą decyzje wydane przed 1 stycznia 2027 r. Ta kwestia zależy od przepisów przejściowych, które powinny być przedmiotem szczególnej uwagi podmiotów korzystających już ze wsparcia.
Opinia Szefa KAS przy dużych decyzjach o wsparciu
Nowym elementem procedury ma być obowiązkowe opiniowanie decyzji o wsparciu przez Szefa Krajowej Administracji Skarbowej. Obowiązek ten obejmie decyzje, w których maksymalna wartość pomocy publicznej wynosi co najmniej 40 mln zł. Opinia ma dotyczyć tych elementów decyzji, które wpływają na wysokość dochodu zwolnionego, a Szef KAS będzie miał na jej wydanie co do zasady miesiąc. Rząd przedstawia to rozwiązanie jako narzędzie, które ma jednocześnie chronić interes przedsiębiorców i ograniczać ryzyko nieprawidłowego korzystania ze zwolnienia.
W założeniu mechanizm ten przesuwa kontrolę podatkową z etapu ex post na etap ex ante. Jeżeli administracja skarbowa wypowie się o kluczowych parametrach decyzji jeszcze przed jej wydaniem, ryzyko zakwestionowania zakresu zwolnienia po kilku latach powinno się zmniejszyć. Pełna wartość tego rozwiązania zależy jednak od tego, jaki charakter prawny będzie miała opinia i czy będzie ona w jakikolwiek sposób wiązała organy przeprowadzające późniejsze kontrole.
Elektroniczna Platforma Polskiej Strefy Inwestycji
Projekt wprowadza także podstawę prawną dla Elektronicznej Platformy Polskiej Strefy Inwestycji, w skrócie ePSI. Za jej pośrednictwem mają być składane i rozpatrywane wnioski o wsparcie, a ustawa ma określać sposób i zasady funkcjonowania platformy. Cyfryzacja procedury może przyspieszyć obsługę spraw i ujednolicić praktykę poszczególnych zarządzających obszarem. Na tym etapie nie są jednak znane szczegóły dotyczące terminu uruchomienia platformy ani jej funkcjonalności, dlatego planując złożenie wniosku na przełomie 2026 i 2027 r., warto uwzględnić ryzyko okresu przejściowego.
Co warto zrobić już teraz
Przedsiębiorcy, którzy planują nową inwestycję w najbliższych miesiącach, powinni przeanalizować, czy korzystniejsze będzie złożenie wniosku na obecnych zasadach, czy po wejściu w życie nowelizacji. Odpowiedź zależy od lokalizacji projektu, jego charakteru oraz przyszłych przepisów przejściowych. W przypadku reinwestycji szczególnie ważne będzie staranne określenie zakresu działalności, która ma zostać wskazana w decyzji, ponieważ to ona w większym stopniu niż dotąd wyznaczy granice zwolnienia.
Inwestorzy, których projekty mogą przekroczyć próg 40 mln zł maksymalnej wartości pomocy, powinni przygotować się na udział administracji skarbowej w postępowaniu i od początku budować dokumentację z myślą o jej ocenie. Z kolei podmioty korzystające z zezwoleń strefowych albo z decyzji o wsparciu wydanych na dotychczasowych zasadach powinny śledzić dalsze prace w Sejmie, ponieważ to od przepisów przejściowych zależy, czy nowe reguły dotyczące okresu obowiązywania decyzji i ustalania dochodu zwolnionego obejmą także ich sytuację. W każdym z tych przypadków rozsądne jest przygotowanie dwóch wariantów planu finansowego: opartego na obecnych przepisach oraz zakładającego wejście w życie nowelizacji w zapowiadanym kształcie.
Niniejszy artykuł ma charakter informacyjny i nie jest to porada prawna.
Stan prawny na dzień 12 października 2026 r.
Autor/Redaktor cyklu:
